北京301醫(yī)院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎22項，國家發(fā)明獎3項，軍隊科技進步一等獎21項。醫(yī)院承擔“973”、“863”等各類課題800多項，在中國國內、國際公開發(fā)表的論文總數和國內論文被引用次數連續(xù)4年居全國醫(yī)院之首。
令狐恩強率先定名完善消化內鏡隧道技術，模糊了消化內外科的界限，替代了一批傳統(tǒng)外科手術；率先提出基于保持人體解剖結構不變條件下，達到祛除疾病目的的超級微創(chuàng)手術新概念，替代長期存在以切除器官為代價的手術模式，為未來手術方法學與器械研發(fā)指明了方向。
令狐恩強提出的診斷與治 療一體的LDRf分型記錄法，是全世界首 個覆蓋全消化道的靜脈曲張分型記錄法，在全國使用；提出的肝移植術后ERCP膽管狹窄的A/B/C/D 分型法對膽管狹窄的治 療具有一定的指導意義；提出的賁門失弛緩內鏡下I/II/III分型法、與黏膜粘連度a/b/c/d/e/f分級法填補了國際空白，為消化內鏡隧道技術的適應證與禁忌癥的制定奠定了基礎。
令狐恩強為中國逆行胰膽管造影（ERCP）規(guī)范的出臺做出了積極的貢獻，為中國消化道早癌的內鏡下技術的完善與普及做了大量工作，為中國的內鏡下早癌切除躋身世界先進行列做出了積極的貢獻。
