北京同仁醫院以醫院綜合醫療為主體，北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所為附屬科研機構，形成 “一院三所”發展格局，成為集醫療、教學、科研、預防、國際交流五位一體的醫療科研聯合體。眼科、耳鼻咽喉科為國家臨床重點學科，變態反應(鼻過敏)科為國家臨床重點專科，中醫眼科學為中醫重點學科。

北京同仁醫院擁有教育部重點實驗室1個，工信部重點實驗室1個，北京市重點實驗室5個;工程研究中心1個，省部級工程研究中心4個;省部級國家科技合作基地2個，北京實驗室1個。醫院是全國防盲技術指導組和防聾治聾技術指導組組長單位，設有世界衛生組織防盲合作中心和世界衛生組織防聾合作中心，作為國際眼庫協會會員單位，設有北京同仁眼庫。

北京同仁醫院眼底科引領國內眼底病治 療的發展方向，在國內率先開展了間接檢眼鏡下孔源性視網膜脫離的手術治 療，蕞早開展了玻璃體視網膜顯微手術，創新了視網膜中央動脈栓塞的玻璃體手術治 療，在驅逐性出血以及眼底腫瘤的放射性敷貼治 療和局部切除手術治 療等多個方面處于國內和國際前沿。

北京同仁醫院眼底科是我國培養眼底病專科高級醫療技術人員的主要基地之一。已經形成了一支年齡與知識結構合理、學歷層次高、兼顧臨床和臨床相關基礎研究、技術力量雄厚的眼底病學術梯隊，形成了新老結合、穩健而富有生氣的團結協作的集體，同時也成為一支具有凝聚力和較強攻關能力的團隊。本專科在職60人，目前擁有17名在職正高級職稱醫師和20名副高級職稱醫師，其中有6名為教授/博士生導師，7名為副教授/碩士生導師。擁有眼內腫瘤診治研究北京市重點實驗室；醫學人工智能研究與驗證工信部重點實驗室。