黑雞苗球蟲病癥狀集中在消化道和精神狀態，3-6 周齡高發，典型表現為糞便異常、消瘦和食欲減退，具體可分為以下兩類：

一、典型臨床癥狀

糞便異常：病雞苗糞便呈紅色或褐色稀便，嚴重時直接排血便（糞便帶血絲或呈血水樣），部分會伴隨黏液或脫落的腸黏膜，這是球蟲損傷腸道黏膜的核心表現。

精神與食欲：初期精神萎靡、羽毛蓬松雜亂，后期不愿走動、扎堆嗜睡；食欲明顯下降，甚至拒食，但飲水量會異常增加（腸道不適導致脫水）。

生長與外觀：患病后雞苗生長停滯、體重快速下降，雞冠和可視黏膜蒼白（失血導致貧血），部分出現翅膀下垂、站立不穩的情況。

二、不同階段癥狀差異

急性發病：多見于 2-4 周齡雛雞，癥狀出現快，發病后 1-2 天內可能出現死亡，死前常伴隨抽搐、伏地不起，糞便帶血癥狀明顯。

慢性發病：多見于 4-6 周齡雞苗，癥狀相對緩和，糞便呈暗紅色或褐色軟便，長期腹瀉導致雞苗消瘦、下降，易繼發大腸桿菌等其他疾病。