潔凈生產區應按生產流程及相應潔凈用房等級要求合理布局。生產線布置不應造成往返交叉和不連續。生產區內有相互聯系的不同房間之間應符合品種和工藝的需要，必要時應有緩沖室等防止交叉污染的措施，緩沖室面積不應小于3m2。原料前處理不得與成品生產使用同一潔凈區域。生產車間內應劃出與生產規模相適應的面積和空間作為物料、中間產品、待驗品和成品的暫存去，并應研發交叉、混淆和污染。

人員進出的管理。

凡進入凈化車間的人員須進入(嚴禁從原材料和成品緩沖區進出)，首先進入換鞋區，換好凈化鞋后，分別進入相應的衣帽間，脫下外衣，換上潔凈工作服，然后進入風淋室，嚴格按照《風淋室使用規程》的規定，風淋后進入凈化車間內。

進入凈化車間的人員不得佩帶與生產無關的飾品，如手機、MP3、MP4、收音機等電子產品不得帶入車間；凈化車間內與產品接觸的工作人員須佩戴手套。

輻射: 電離輻射和電磁波輻射（包括紫外線[波長190～350nm]、紅外線[波長0.77～1000μm]、微波[波長1～1000mm]）。

過濾:以物理的方法除去介質中的微生物。常將空氣或液體中的微生物及雜質用不同材料制成的薄膜濾器過濾得到無菌、無雜質的空氣或液體。濾過病毒的濾膜孔徑為25 ～100nm；濾過的濾膜孔徑為0.22～0.45μm。

紫外線：紫外線輻射的穿透力很弱，因此主要用于無菌室、某些工作區的空氣、物體表面。實踐工作中在食品廠凈化車間安裝紫外燈，一般僅起殺死空氣中部分微生物的作用，而不能起到完全的作用。