北京協和醫院創新性提出了“待病人如親人，提高病人滿意度；待同事如家人，提高員工幸福感”的辦院理念；提煉出了“學術、品質、人文”的百年協和內涵；推進醫療服務體系、人才培養體系、科技創新體系、精細管理體系、開放協作體系、黨建文化體系等“六大體系”建設。

在醫療實踐的同時，曾學軍教授致力于臨床醫學教育，任美國內科醫師學會（ACP）Fellow、美國醫學研究所（IOM）中國醫學教育代表。曾榮獲北京市高等教育改革二等獎、 “住院醫師心中好老師”、北京市師德先進個人、北京協和醫學院教學名師等榮譽，帶領普通內科獲得2015年北京協和醫學院教學團隊稱號。2019年2月入選十大社區健康促進首 席專家。

北京協和醫院風濕免疫科作為我國風濕學病專業發展與人才培養的蕞早基地之一，自1980年建科歷經四十多年風雨，集醫療、科研、教學為一體，不斷提高風濕病學診斷水平，推動國內風濕病學的發展。科室樹立了以科研為，教學為基礎，醫療為根本的發展理念開展工作。目前全科46人，其中老專家3人，現有國家人事部留學歸國人員科研基金（包括海外）獲得者4人，政府特貼專家人3人，主任醫師11人，博士生導師12人，副主任醫師10人，碩士生導師12人，高級職稱24人，中級15人，以及各類專業技術人員22人。臨床40歲以下的青年醫師中100％具有博士學位，80%具有在西方發達國家實驗室工作進修的經歷。目前有10位在全國學會任職包括中華醫學會風濕病學分會主任委員、侯任主任委員以及中國醫師協會風濕免疫科醫師分會會長、副會長等，北京醫學會任職10人。科室年門診量超過13萬人次，床位68張，為全國各地的危重疑難風濕病人服務。

近年來，得益于國家對風濕免疫病投入逐步增加，在SLE科技支撐計劃/863項目、自身免疫性疾病新藥臨床評價研究技術平臺科技重大專項、衛計委行業科研專項等支持下，以北京協和醫院牽頭，聯合全國近800家風濕病診治中心，已初步形成系統性紅斑狼瘡研究協作組（CSTAR）和國家風濕病數據中心（CRDC）的研究網絡，成為國內的風濕病研究協作組織，創建了中國風濕病信息數據庫、生物樣本庫（CRIP）和規范化培訓和多學科交流平臺（CREP），啟動了中國風濕病學界的多中心協作研究，發布了中國風濕病學界的規范化診治共識。