醫(yī)院擁有教育部兒科學(xué)國家重點學(xué)科和教學(xué)團(tuán)隊，是首都醫(yī)科大學(xué)兒科醫(yī)學(xué)院和兒科學(xué)系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔(dān)著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護(hù)理大專及繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育等多層次教學(xué)任務(wù)，并設(shè)有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。

北京兒童醫(yī)院先后獲得“全國文明單位”“首都文明單位標(biāo)兵”“首都文明服務(wù)示范窗口”“?？漆t(yī)院”“雙十佳人民滿意醫(yī)院”“北京三甲醫(yī)院”榮譽稱號及“首都勞動獎狀”“全國五一勞動獎狀”。

目前科室開展異基因造血干細(xì)胞移植和自體造血干細(xì)胞移植，異基因造血干細(xì)胞移植包括HLA配型全相合移植和半相合(單倍體)移植，干細(xì)胞來源包括骨髓、外周血、臍帶血。目前造血干細(xì)胞移植千余例，其中2/3為單倍體造血干細(xì)胞移植。病種包括白血病、淋巴瘤、神經(jīng)母細(xì)胞瘤、再生障礙性貧血、噬血細(xì)胞綜合征、慢性EB病毒感染等兒童血液腫瘤疾病，也包括石骨癥、腦白質(zhì)營養(yǎng)不良、免疫缺陷病等先天遺傳代謝性疾病。依托于國家兒童醫(yī)學(xué)中心多學(xué)科技術(shù)支持，對難治/復(fù)查白血病及腫瘤疾病、先天遺傳代謝病、免疫相關(guān)疾病、小年齡組患兒以及復(fù)雜重癥病例的移植經(jīng)驗豐富，現(xiàn)為國內(nèi)的石骨癥的移植中心，同時在噬血細(xì)胞綜合征及慢性活動性EB病毒感染及相關(guān)疾病的也處于國際水平。結(jié)合兒科病人的特點，相對于其他移植中心，更注重了對移植前后病人的生存質(zhì)量、營養(yǎng)管理、生長發(fā)育的監(jiān)測及干預(yù)。設(shè)有由專業(yè)醫(yī)護(hù)、心理及醫(yī)務(wù)社工團(tuán)隊組成的舒緩小組，對患兒進(jìn)行疼痛癥狀管理，患兒及家長的心理疏導(dǎo)，進(jìn)一步提高患兒的生存質(zhì)量。

北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專業(yè)門診、病房、醫(yī)技檢查、驗光配鏡中心、弱視訓(xùn)練、視感知覺工作室為一體的綜合性兒童眼病診療中心，同時為北京市殘聯(lián)指定殘疾評估、康復(fù)中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。